海關保稅核查顧名思義就是對保稅業務的核查，以下重點說對保稅加工業務和保稅物流業務的核查。
對保稅加工業務的核查：核查時效：海關自保稅加工企業向海關申請辦理保稅加工業務備案手續之日起至海關對保稅加工手冊核銷結案之日止，或者自實施聯網監管的保稅加工企業電子底賬核銷周期起始之日起至其電子底賬核銷周期核銷結束之日止，可以對保稅加工貨物以及相關的保稅加工企業開展核查。簡單來說就是對正在進行加工貿易業務的企業進行核查，以前有加工貿易，手冊，賬冊核銷完成，不繼續從事加工貿易的企業是對象外。
核查內容：
（二）對保稅物流業務的核查：
核查時效：海關自保稅物流貨物運入海關特殊監管區域、保稅監管場所之
起至運出海關特殊監管區域、保稅監管場所之日止，可以對保稅物流貨物以及相關保稅物流企業開展核查。其實就是對正在經營保稅物流的企業進行核查。
核查內容：
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