加工貿易企業要內銷最好采取集中內銷補稅的方法，因為傳統的先補稅再內銷的做法存在兩個硬傷，第一是由于內銷計劃或生產計劃的變動，補稅的數量和實際內銷數量不一致；第二是每次要辦理內銷補稅手續，如果有緊急的內銷訂單或需求是無法及時對應的。
使用加工貿易電子賬冊的企業和特殊監管區域內的企業無需申請就有集中內銷補稅的資格，而使用加工貿易電子手冊的企業則需要向主管海關提交《集中辦理內銷納稅手續情況表》，獲批集中內銷補稅資格。
企業可以先行內銷，在當月末之前向海關集中辦理內銷補稅手續，并且不得超過手冊有效期或賬冊核銷周期。2020年7月后，由于疫情的影響，海關將集中內銷補稅期限放寬到按季度申報納稅不得跨年操作，企業需在每年4月15日、7月15日、10月15日、12月31日前進行申報。
每季度結束后有15個工作日讓企業有充裕的時間辦理內銷補稅手續，有內銷業務的加工貿易企業平時也需要管理好內銷記錄，及時總結核算，在申報期限前向海關提出準確的內銷申報數據。
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