這類費用是向船方征收的費用，通常以船舶的總噸位或凈噸位為計費的主要依據。這類費用包括下列方面：
(1) 船舶噸稅。這是國際航行船舶進入港口時，由主權國家海關征收的一種關稅。通常按船舶凈噸位分為若干級別制定稅率，以1個月、3個月或1年為計征期。在一個計征期內，同一船舶不論進港幾次，只收一次噸稅。凡與港口所在國家簽訂的貿易、通航協定中，有“優惠國條款”規定者，可享有最惠國待遇，按優惠稅率計征。
(2) 船舶港務費。這是船舶進出港口和在港停泊期間，因使用港口的水域、航道和停泊地點，應按規定向港口當局交付的費用。有的港口把港務費分成多種費目征收，如疏浚費、港口管理局費、水閘費等。船舶港務費通常按船舶噸位總噸位或凈噸位，以進出港合并征收一次。
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